Uno de los sistemas biológicos que ha sido identificado como afectado por las experiencias traumáticas es la amígdala, la cual, está implicada en la interpretación del significado emocional de las experiencias que vivimos. Investigaciones recientes han mostrado que el sistema límbico juega un papel importante como causa de que los sujetos traumatizados interpreten recuerdos relativamente innocuos como presagio de retorno del trauma (J. Siegel & Paine Bryson, 2012). 

Tal y como explica Van der Kolk (2004), en el libro El cuerpo lleva la cuenta, esta parte del sistema límbico, la amígdala, actúa como «detector de humo» que interpreta cuando la información sensorial entrante puede constituir una amenaza. La amígdala es la responsable de formar los recuerdos emocionales que se producen en respuesta a sensaciones, sonidos, imágenes, etc. particulares que han sido relacionadas con el riesgo para la vida o con situaciones peligrosas.

Estas interpretaciones emocionales se considera que son «indelebles», es decir, muy difíciles de extinguir (LeDoux, 1996): una vez que la amígdala ha sido condicionada a considerar determinados sonidos, olores, sensaciones corporales, etc. como peligrosas, es probable que el cuerpo reaccione frente a estos estímulos como disparador del retorno del trauma.

El desafío para cualquier psicoterapia eficaz consistirá, por tanto, en decondicionar a la amígdala de manera que los recuerdos innocuos no sean considerados como un retorno del trauma. En la misma línea, Van der Kolk (2007) habla de la necesidad de “realizar una terapia a nivel del sistema límbico”.

A continuación desarrollo en más profundidad el funcionamiento de esta estructura: la información externa llega desde nuestros ojos, nariz, oídos y piel y converge en el tálamo, en palabras de Van der Kolk (2004), el “cocinero”, situado dentro del sistema límbico, quien mezcla toda la información para darnos una experiencia integrada y coherente de lo que está ocurriendo. Estas sensaciones avanzan en dos direcciones: hacia la amígdala y hacia los lóbulos frontales. 

El primer camino es el más rápido y es quien trabaja como un detector de humo o peligro. El segundo, que es más lento, será quien decida si ese humo es realmente peligroso para nuestra supervivencia, “la torre de vigilancia”. La amígdala es más rápida, y ante la detección del humo –sea o no peligroso para nosotros– desencadena inmediatamente hormonas de estrés, cortisol y adrenalina, que hace que aumente el ritmo cardiaco, la presión sanguínea y la respiración para prepararnos para luchar o huir. El lóbulo frontal, que podríamos considerarlo más sensato, es quien nos va a informar de si el peligro percibido es realmente amenazante para nuestra supervivencia. Y gracias a las funciones ejecutivas, nos permitirá preparar un plan de huida. Finalmente, si en realidad no estamos en peligro, nuestro cerebro racional tendrá que inhibir, organizar y modular las reacciones automáticas del cerebro emocional.

Parece esencial que tiene que haber una buena comunicación entre estas dos partes tan importantes de nuestro cerebro. Sin embargo, en el TEPT (trastorno por estrés post traumático), el equilibrio entre la amígdala y la corteza prefrontal medial es complicada. Las capacidades inhibidoras del lóbulo frontal fallan y las personas sienten que “pierden la razón” (Van der Kolk , El cuerpo lleva la cuenta. Cerebro, 2004). Tal y como lo explica Siegel (2012), el problema es que la amígdala se activa y bloquea la escalera que comunica el cerebro superior con el inferior. “Es como si se hubiera echado el pestillo de una barrera de seguridad al final de la escalera, impidiendo el acceso al cerebro superior” (J. Siegel & Paine Bryson, 2012).